南通机动车违章查询的方式有多种，包括：

1. 网上查询：通过南通市公安局交通巡逻警察支队车辆管理所官网进行查询，输入车辆识别码（车架号）和车牌号码，即可查询车辆相关的违章记录。此外，还可以下载相关APP（如交管12123等）或使用微信小程序查询车辆违章信息。

2. 电话查询：通过拨打当地的交通违章电话查询交通违章情况。需要注意的是电话查询可能会产生一定的费用。同时还可以通过触摸查询终端查询车辆是否出现违章情况，这种方法适用于时间比较充裕的车主。此外车主也可以选择购买新车后通过邮政寄送的方式查询车辆是否出现违章情况。这种方式的优点是一旦出现车辆违章情况会立即通知车主，但车主需要支付一定的费用。另外需要提醒的是，这些查询方式中有些可能需要车主提供车辆的相关信息，如车牌号码、车辆识别码等。车主在查询时应确保提供的信息准确无误，以保证查询结果的准确性。如果车主对查询结果有异议，可以前往当地交警部门咨询或申诉。

请注意，以上内容仅供参考，建议根据实际情况选择合适的查询方式，并及时处理相关的违章情况。如有任何疑问或需要更多帮助，建议咨询当地交警部门或相关机构获取准确信息。